La película comienza con unos investigadores en el polo norte viendo muchos Spheal y Walrein, cuando Tory, el hijo de uno de esos investigadores se dirige a ver a los Spheal y Walrein. Justo en ese momento se encuentra un Spheal. De repente el chico se levanta y ve unos destellos, dentro de esos destellos está Rayquaza cuando de repente cae un meteorito, los Walrein asustados salen corriendo, Tory está en medio de los Walrein y se encuentra muy asustado. Su padre el profesor Lund y su mujer salen corriendo a recoger a Tory. En ese momento cae un meteoro a la tierra y aparece Deoxys cogiendo un meteorito con un cristal encima cuando Rayquaza congela a Deoxys y los dos se enzarzan en una pelea de titanes, cuando llegan al campamento de todos los investigadores con sus ataques empiezan a romper todos los edificios, maquinaria…

Deoxys lanza un ataque bola sombra y tira a Rayquaza al agua. Sale del agua y usa un hiperrayo a Deoxys y lo destruye, solo deja de él la gema que lleva en su cuerpo. Cuando Rayquaza se marcha de aquel lugar vienen helicópteros y se llevan a todas esas personas de aquel lugar, también se llevan el cristal que había en el meteorito para investigarla. El profesor Lund está sometiendo el cristal a unos rayos laser, hasta que llega a la conclusión que si siguen sometiendo el laser de esa manera al cristal Deoxys será regenerado. Cuando ya acaban el trabajo por ese día el cristal empieza a lucir y Deoxys aparece en medio del polo norte. Nuestros héroes se dirigen en tren hacia la ciudad de las tecnologías, la ciudad Larousse. En la ciudad aparecen Minum y Plusle jugando con una papelera electrónica mientras un Munchlax los está mirando. Minum y Plusle se caen de la papelera y Munchlax se va de aquel lugar.


Cuatro años después, nuestros héroes llegan a la ciudad y una máquina sale a recibirlos, todos se quedan asombrados. Les echa una foto y les da un pasaporte, la máquina le dice que mientras estén en la ciudad lleven su pasaporte. Ash está buscando la torre batalla cuando se mete en un camino rodante, un chico le ayuda con su Blaziken y les indica el camino hacia la torre batalla. Por fin llegan a la torre batalla, Ash se encuentra con Tory, el asustado por los temores que tiene desde lo de Deoxys huye de Ash y su Pikachu y sale corriendo hacia el ascensor. Un guardia les indica el camino para llegar a la torre batalla. Tory y Ash se identifican y llegan a la torre batalla, Tory al ver que la batalla va a empezar le dice a Ash que él no tiene Pokémon, Ash le da uno de sus Pokémon y le dice que da igual. El combate comienza, el equipo de la esquina roja está machacando al equipo de Ash y Tory.

Al final Ash pierde el combate, cuando bajan hacia abajo la madre de Tory le cuenta a nuestros héroes el terror que tiene Tory con los Pokémon. Cuando escuchan esa historia Ash decide ayudar a Tory a superar su miedo y Brock, Aura y Max también deciden ayudarle. Tory ayuda a Minum y Plusle, Ash ve como Tory a ayudado a unos Pokémon, entonces decirle seguirle hasta que llega a un jardín y lo encuentra hablando con algo, Ash le pregunta que con quien estaba hablando, él le dice que no le importa.


Como siempre vuelve a aparecer el Team Rocket metiéndose otra vez en líos, empiezan a aporrear una máquina de hamburguesas hasta que una máquina los para. Nuestros cuatro héroes y Tory deciden ir a merendar a un bosque pequeño, Tory casi acaricia a Pikachu, pero no es tan fácil superar el miedo a los Pokémon y no puede acariciarlo y se va corriendo. Deoxys vuelve a aparecer en medio de la ciudad, espantando a un par de Pokémon y estropeando unas escaleras mecánicas. Deoxys aparece de nuevo y hace como una aurora, nuestros héroes están con la madre de Tory, está investigando la aurora y dice que es imposible que se encuentre en ese momento aquí, que esa aurora sólo se puede ver en el polo norte o en el polo sur, en ese mismo instante llega Tory con unas galletas de Pokémon, saca a todos los Pokémon y se ponen a jugar. Al poco tiempo desaparece la aurora, y Ash y Tory se ponen a hablar.

Al siguiente día el equipo de la policía nota que algo se está acercando a la ciudad, y ven que es Rayquaza. La madre de Tory va corriendo para mirar que está pasando, y por las cámaras ve a Deoxys, enseguida llama al equipo policial para avisar de que ha venido Deoxys y que deben evacuar la ciudad, porque si no será una catástrofe. Deoxys está usando su poder y está haciendo que todo el sistema caiga. Todas las cosas electrónicas de la ciudad no van, los caminos rodantes no van, no va nada. Deoxys se pone a capturar humanos, cuando en ese momento llega Rayquaza y ataca a Deoxys. Todos nuestros héroes se encuentran en aquel invernadero donde Tory habla con su amigo cuando Deoxys los sorprende, se empieza a multiplicar para capturarlos pero Blaziken y Blastoise matan a los clones y Tory los lleva a la salida de emergencia, salen y van al laboratorio, la madre de Tory les cuenta la historia de hace cuatro años.


Minum, Plusle y Munchlax aparecen en el laboratorio, han llegado hasta allí por el sistema de ventilación. Ash, Brock y Tory van a buscar comida cuando aparecen más clones de Deoxys. Minum es atrapado por un clon de Deoxys y Plusle se siente muy triste, Brock encuentra agua y se lo dice a Ash. Todos vuelven al centro de investigación. Mientras que están durmiendo los Deoxys están atacando el techo para entrar, todos se dan cuenta y van al centro de investigación del sotano. Cuando llegan la profesora les habla del meteorito que había abajo, y dice que es otro Deoxys, cuando en ese momento aparece el amigo de Tory. La profesora investiga las hondas del amigo de Tory y se da cuenta que son idénticas a las de las auroras de Deoxys y que es su amigo. Tory llega a la conclusión de que hay que revivir al otro Deoxys, que es la única forma de que Deoxys se valla. La profesora les dice que no hay suficiente energía con la de emergencia, entonces nuestros héroes van a salvar a los Pokémon para que les ayuden a conseguir energía y también a los molinos para conseguir más energía, pero por el camino se encuentran a Deoxys, empieza otra vez a hacer más clones, pero Ryu se queda con su Blaziken matando a los clones y todos los demás se van.

Rayquaza por fin consigue entrar a la ciudad atravesando el campo de energía. Ryu se da por vencido y se deja llevar por los clones de Deoxys. Rayquaza por fin se encuentra con el verdadero Deoxys. Ash y Tory vuelven con todos sus amigos y con más gente, todo el mundo está rescatado, incluso el Team Rocket está allí. Minum y Plusle se vuelven a encontrar y se ponen muy contentos. Brock y los demás habían conseguido poner en funcionamiento de nuevo los molinos. La profesora empieza otra vez con el laser ya que la energía había vuelto. Deoxys es regenerado y lleva a Ash y Tory volando para ver a su amigo el otro Deoxys. De repente el escudo que había en la ciudad desaparece.


Deoxys está atacando cruelmente a Rayquaza cuando llega el segundo el segundo Deoxys y para un ataque que había lanzado contra Rayquaza. Los dos Deoxys se vuelven a juntar, los dos están haciendo su aurora con la gema de su cuerpo, cuando están haciendo un ritual aparece Rayquaza atacando a los dos Deoxys y les interrumpe el ritual, Rayquaza está atacando a los dos Deoxys , pero ellos huyen, hasta que Rayquaza lanza un ataque y le da a un edificio y descontrola el sistema de guardia de la ciudad. El padre de Tory le dice que si su pasaporte lo usa con el jefe robot el sistema de guardia se volverá a activar y así poder repararlo. Al final Ash para el sistema de guardia de la ciudad y todo vuelve a la normalidad, Rayquaza deja de luchar contra los dos Deoxys y ellos dos se van juntos para siempre.